随着期货市场的不断发展，程序化交易从一种小众的投资模式逐渐转变成了一种主流投资模式，很多人认为程序化交易加剧了市场价格波动。 对此，上海升阳资产管理有限公司副总裁李琴忠表示，如果程序化交易者投入的资金量很小，市场受到的影响会很小，如果采用手动执行程序化交易，对市场的影响力也不会很大，因为手动交易会根据市场的细微走势来操作，程序化交易加剧价格波动的原因应该是让电脑来执行程序化。
“程序化交易改变了交易模式，使得交易被定为科学统计学，扩展了交易范围，带来了新增交易量，特别是活跃了套利交易，随着套利交易不断增多，境内外的价格序列关系开始趋于稳健。” 李琴忠表示，程序化使用不当也会出现不利影响，当同一类型的交易者在同一个时间发出大量的交易指令时，价格就会出现激烈波动，但是如果自动交易程序设计不当，可能会触发很大的交易单，将对市场形成明显的冲击。
上海睿福投资有限责任公司董事长付爱民认为，程序化最核心的是策略，目前市场上的程序化交易比较相同，策略和资金止损都很类似，缺乏自己独到策略的程序化交易，很容易被市场淘汰，以后核心策略加电脑执行将是程序化的发展方向。
“程序化就是一个工具，不管是编制策略的人还是最终执行的人，靠的都是人的主观因素。公司现在资管平台和产品的设计也涉及到一些程序化产品的设计，在程序化产品的设计上主要推出对冲套利产品，” 申银万国期货副总经理陆三江认为，程序化交易的前期策略需要经过多方的验证，而且在执行的过程中不能完全靠机器，万一市场上出现大的政策性因素，或者是市场行情因素出现大的波动时，最终还是要靠人来挽回。
陆三江表示，进行程序化交易时，在部门设计上要分离，首先是由一个部门进行程序和策略的设计，然后交给专门的交易员来执行，风险控制最终要由另一个部门执行。他认为，不同的程序策略适合不同的风格，申银万国期货正在考虑构建一个专门为策略编辑、程序化设计的开发者展示策略的平台，策略的开发者可以通过该平台展示自己好的策略，吸引更多的潜在客户，很多初始的客户不知道怎么交易，有了程序化工具以后将会让他们在期货市场上走得更长久。
“我用的是基本面交易，程序化的特点是不能识别基本面，所以我们不使用程序化交易。” 聚商投资创始人杨晓钢认为，如果使用程序化交易能够提升交易速度，能否提升盈利能力重要的取决于交易策略。
福建滚雪球投资管理有限公司董事长林波表示，其管理的资金部分运用程序化交易。投资是博弈的世界，无论是否使用程序化交易，最重要的是不能让对手知道你的投资策略。